例えば、Expedia(エクスペディア)などがあります。
http://www.expedia.co.jp

しかし、Expediaのようなサイトでは、格安航空会社いわゆるLCCのチケットが出てきません。
LCCも含めてお得な航空券を探す場合、航空券に特化したお得なサイトを利用するのがいいでしょう。

例えばSkyscanner(スカイスキャナー)があります。
http://www.skyscanner.jp/

他にも様々なサイトがあるので、これらのサイトを有効に利用してお得な航空券を探しましょう。
場合によっては、これらのサイトでは出てこないお得な条件が航空会社のサイトで出てくることもあります。

このため、航空券を検索できるサイトを中心に検索しつつ、航空会社のサイトも定期的にチェックするのがおすすめです。