これ以外にいくつかの料金がかかるため。仮に運賃自体が5万円でもそれ以外で5万円かかり、合計10万円かかることがあります。

そのそれ以外にかかる料金で一番大きいのがサーチャージです。
サーチャージを日本語にすると燃油特別付加運賃で要するに、飛行機の燃料費の事です。
飛行機の燃料費は通常の航空運賃に含まれていますが、車のガソリンの価格がそのときのよって変わるのと同じように、飛行機に使う燃料の料金もそのときによって変わります。

その燃料の料金がある一定の金額を超えた場合、航空会社は乗客からサーチャージを徴収できるようになっています。
2010年前後は、燃料の料金が常に一定の金額を超えているため、常に航空券に加えてサーチャージの料金がかかっています。

例えば、2013年2月にJALの成田-ニューヨーク便2013年5月発着の燃油特別付加運賃は47,000円となっています。
さらに空港使用料などがかかり、運賃以外の合計金額が55,230となります。
仮に運賃が5万円でも合計で105,230円かかることになります。

当然ながら、この距離が短い方がこの金額は安くなり、同じような日程の成田-香港間では12,000円になります。
これ以外の料金を含め合計16,050が運賃以外にかかります。

このサーチャージは航空会社によっても異なりますが数ヶ月に一度変わります。
そして、サーチャージの金額はチケット購入時に支払うことになり、極端に言えば1月に6月に乗る飛行機のチケットを買うと1月に決められているサーチャージの料金で支払うことになります。
その後、実際に搭乗するまでにサーチャージの料金が変わっても追加で請求されたり、返金されることはありません。

サーチャージの料金は、数ヶ月後のサーチャージ料金を決める数ヶ月前の燃料の料金から算出されます。
このため、燃料費はガソリンの価格とほぼ連動しているので、ガソリンの価格が下がりつつあるなら、サーチャージの料金も下がる可能性があります。
サーチャージの料金が下がるなら、そのタイミングに合わせて航空券を買うのがいいでしょう。
逆に、ガソリンの価格が上がりつつあるならサーチャージ料金が値上がりする前に航空券を買うのがいいでしょう。